怀孕时协议离婚，双方需就离婚事宜协商一致，签订离婚协议书，然后共同到婚姻登记机关申请离婚登记。

在女方怀孕期间，协议离婚的办理与一般情况有所不同。首先，双方应当对离婚意愿、财产分割、子女抚养等问题进行充分协商，并达成一致意见，形成书面的离婚协议书。离婚协议书应当包括双方的基本信息、离婚的意愿表述、财产的具体分配、子女抚养权及抚养费的约定等内容。

之后，双方亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。需要注意的是，根据法律规定，此时婚姻登记机关不会立即办理离婚登记，而是会给双方一个期限，让双方有时间慎重考虑。在此期间，任何一方反悔，都可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。如果期限届满，双方仍坚持离婚，则婚姻登记机关会办理离婚登记，发给离婚证。

在整个过程中，要确保离婚协议的内容合法、合理、公平，且是双方真实意愿的体现。如果对协议内容存在争议或不确定，建议咨询专业律师，以获得准确的法律建议和指导。同时，虽然女方在怀孕期间可以协议离婚，但也应充分考虑到自身和胎儿的利益，谨慎作出决定。

此外，在办理离婚登记时，需携带相关的证件和材料，如身份证、结婚证、离婚协议书等，具体要求可以咨询当地婚姻登记机关。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十六条

夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十七条

自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。

前款规定期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证；未申请的，视为撤回离婚登记申请。