男方有疾病离婚时孩子抚养权的归属，需要综合多方面因素来判定，不能一概而论。

在男方有疾病的情况下，离婚后孩子抚养权的归属是一个复杂的问题，不能简单地依据男方的疾病就确定孩子一定会判给某一方。法院在判决抚养权时，会以子女的最佳利益为首要考量。

以下是一些通常会被考虑的因素：

1. **疾病的严重程度**：如果男方的疾病严重到无法照顾孩子的基本生活，或者可能对孩子的健康构成威胁，这会对其争取抚养权产生不利影响。但如果疾病并不影响正常照顾孩子，那么这可能不是决定性因素。

2. **孩子的年龄**：年幼的孩子可能更需要母亲的照顾，而年龄较大的孩子，其自身的意愿也会被重视。

3. **双方的抚养能力和条件**：包括经济状况、居住环境、教育资源等。如果女方在这些方面明显更有利于孩子的成长，可能更有优势获得抚养权。

4. **孩子与父母双方的感情**：平时与哪一方更亲近，关系更紧密。

5. **双方的品德和生活习惯**：是否能为孩子提供良好的榜样和稳定的生活环境。

此外，法院还会综合其他相关因素来做出最公平合理的判决。男方虽然有疾病，但如果能证明自己有能力和意愿为孩子提供良好的成长条件，并且孩子的利益也不会受到损害，那么也有可能获得抚养权。反之，女方也并非一定能获得抚养权，一切都要根据具体情况来判断。总之，抚养权的判定是一个综合考量的过程，而不是单一因素决定的。

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。