分居三年起诉离婚，法院判决是否准予离婚，会综合多方面因素来考量，并非单纯依据分居时间。

在司法实践中，夫妻因感情不和分居满二年，一般会被视为夫妻感情确已破裂的情形之一。但分居三年起诉离婚，法院具体的判决并非仅仅取决于这一个因素。

法院会审查双方的感情基础、婚后感情状况、导致分居的原因、夫妻关系的现状等。如果分居是因为一方的过错，比如出轨、家暴等，且另一方有证据证明，这会对判决产生重要影响。同时，法院也会考虑双方是否有和好的可能。

此外，对于子女抚养和财产分割等问题，法院也会依据相关法律和实际情况进行公平合理的判决。比如，在子女抚养方面，会以子女的最佳利益为原则，考虑子女的年龄、意愿、父母的抚养能力等因素。在财产分割上，一般会遵循平等分割的原则，但也会根据具体情况适当照顾妇女和子女的权益。

需要强调的是，即使分居时间较长，也不能保证一定会判决离婚。如果一方坚决不同意离婚，且能提供证据证明双方仍有感情，或者有其他合理理由，法院可能不会准予离婚。因此，在处理离婚纠纷时，当事人应提供充分的证据和合理的诉求，以便法院作出公正的判决。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。