在现代社会，离婚已经成为一个较为常见的现象。而当夫妻双方育有两个孩子并决定协议离婚时，这其中涉及到一系列重要的程序和考量。接下来，就让我们一起深入了解。

一、有两个孩子协议离婚的程序

首先，夫妻双方应当就离婚意愿、子女抚养、财产分割等问题达成一致，并形成书面的离婚协议。在离婚协议中，对于两个孩子的抚养问题，需要明确抚养权的归属、抚养费的数额和支付方式、探视权的安排等重要事项。

其次，双方应当共同前往婚姻登记机关申请离婚登记。在申请时，需要提交身份证、户口簿、结婚证、离婚协议等相关材料。婚姻登记机关会对提交的材料进行审查，并询问双方的离婚意愿以及对子女抚养、财产分割等问题的协商情况。

然后，自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。如果在这三十日内，双方均未撤回申请，期满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证；未申请的，视为撤回离婚登记申请。

最后，婚姻登记机关经审查认为符合离婚条件的，予以登记，发给离婚证，婚姻关系自此解除。

二、如何合理确定两个孩子的抚养权

1. 考虑孩子的年龄和意愿。对于年龄较大的孩子，他们的意愿在抚养权的判定中可能会被给予一定的重视。

2. 双方的经济状况和抚养能力。包括稳定的收入、良好的居住环境、能够给予孩子足够的关爱和教育等方面。

3. 孩子的生活习惯和学习环境。如果孩子已经习惯了某种生活和学习环境，改变可能对其产生不利影响，这也是需要考虑的因素之一。

4. 双方的品德和行为习惯。一个良好的榜样对孩子的成长至关重要。

5. 双方的工作性质和时间安排。能否有足够的时间陪伴孩子成长也是关键。

三、协议离婚中两个孩子抚养费的计算与支付

1. 抚养费的计算通常会参考当地的生活水平、孩子的实际需求以及父母双方的经济能力。

2. 一般来说，有固定收入的，抚养费可以按月总收入的 20%至 30%的比例给付。负担两个以上子女抚养费的，比例可以适当提高，但一般不得超过月总收入的 50%。

3. 无固定收入的，可以依据当年总收入或者同行业平均收入，参照上述比例确定抚养费的数额。

4. 抚养费的支付方式可以是定期给付，也可以一次性给付。定期给付的，一般可以按月、季度或年给付。

5. 另外，随着孩子成长和生活状况的变化，抚养费的数额也可以协商调整或者通过法律途径要求变更。

总之，协议离婚涉及到两个孩子的情况相对较为复杂，需要夫妻双方充分协商，以最大程度保障孩子的利益和未来发展。以上内容仅供参考，法律咨询具有特殊性，如有疑问建议本站在线咨询律师，获取更专业的帮助。