起诉离婚时一方有重大疾病，法院在判决时会综合多方面因素进行考量，并不一定会直接判决不准离婚。

在起诉离婚的情形中，如果一方患有重大疾病，这确实是一个需要谨慎对待的情况。法院在处理此类案件时，通常不会仅仅基于一方患有重大疾病这一单一因素而直接作出判决。

首先，法院会审查夫妻感情是否确已破裂。虽然一方有重大疾病可能会引发对其生活照顾等问题的考虑，但这并不等同于夫妻感情必然无法挽回。如果双方在其他方面仍有感情基础，且患病一方的疾病状况并非完全无法克服，法院可能不会轻易判决离婚。

其次，会考虑患病一方的生活保障问题。如果离婚后患病一方可能面临生活困难、缺乏照料等情况，法院可能会要求另一方在财产分割、扶养费等方面给予一定的支持和保障。

同时，也要考虑到另一方的合法权益。不能因为一方患病就完全忽视另一方追求幸福生活的权利。如果另一方确实已经无法继续维持婚姻关系，且在经济等方面能够给予患病一方合理的安排，法院也可能会综合判断后作出适当的判决。

此外，法律也会保障患病一方在离婚过程中的合法权益，比如在财产分割时适当倾斜等。总之，在这种情况下，法院会秉持公平、公正的原则，综合各方面因素，权衡各方利益，以作出最符合法律规定和实际情况的判决。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。