借款超过诉讼时效后，债权人可以尽量与债务人协商达成新的还款协议，或者寻找诉讼时效中断的证据等方式来维护自身权益。

当借款超过诉讼时效时，这确实会给债权人带来一定的困扰，但并非完全没有办法解决。

首先，债权人可以尝试与债务人进行沟通和协商，争取达成新的还款协议或者让债务人重新出具借条等书面文件。这样可以视为对原债务的重新确认，从而使得诉讼时效重新起算。

其次，债权人要仔细回忆和查找是否存在能够导致诉讼时效中断的情形。比如在诉讼时效期间内，债权人曾向债务人主张过权利，有相关的证据可以证明，如短信、邮件、通话记录等，或者债务人曾有部分还款等行为，这些都可能导致诉讼时效中断，从中断时起，诉讼时效期间重新计算。

此外，如果债务人自愿履行还款义务，那么即使诉讼时效已过，法律也不会予以干涉。

需要注意的是，在处理超过诉讼时效的借款问题时，债权人要保持理性和冷静，通过合法合理的方式来争取自身权益。同时，也要做好可能面临败诉风险的心理准备。在平时的经济交往中，债权人应及时关注债务的情况，避免诉讼时效过期的情况发生。

《中华人民共和国民法典》 第一百九十二条

诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。

诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。

《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。