当抵押权无效但抵押合同有效时，需要根据具体情况进行处理，可能涉及到合同责任的承担等问题。

在这种情况下，首先要明确导致抵押权无效的原因。可能是因为未办理抵押登记等法定手续，或者存在其他违反法律规定导致抵押权不成立的情形。

尽管抵押权无效，但抵押合同本身可能是有效的。此时，合同双方需要依据合同约定来确定各自的权利和义务。如果一方因抵押权无效而遭受损失，另一方可能需要根据合同中的违约责任条款承担相应责任。比如，抵押人可能需要承担因其过错导致抵押权无效而给债权人带来的损失。

同时，双方也可以通过协商的方式，重新确定担保方式或寻求其他解决方案，以保障债权人的权益。如果协商不成，可能需要通过诉讼等法律途径来解决争议。在诉讼过程中，法院会根据具体案情和相关法律规定进行裁决，确定各方的责任和赔偿范围。

对于债权人来说，尽管抵押权无效，但仍可依据有效的抵押合同主张权利，要求抵押人承担相应的合同责任。而对于抵押人来说，也需要按照合同约定履行自己的义务，否则可能面临违约责任的追究。

总之，在这种复杂的情况下，需要综合考虑各种因素，依据法律规定和合同约定来妥善处理，以维护各方的合法权益。同时，在签订抵押合同等法律文件时，各方应充分了解相关法律规定和风险，确保合同的有效性和可执行性。

《中华人民共和国民法典》 第一百五十五条

无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。

《中华人民共和国民法典》 第一百五十七条

民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。