诉讼时效超过三年的债务，可以尝试与债务人协商、寻求中间人的帮助、收集新的证据等方式来处理。

当债务的诉讼时效超过三年后，并不意味着债权人就完全丧失了权利，只是在法律上可能会面临一定的挑战。以下是一些可以考虑的处理方式。

首先，与债务人进行协商沟通是很重要的一步。尽管诉讼时效已过，但债务人可能基于诚信原则或其他因素愿意偿还债务。通过友好、理性的协商，有可能达成新的还款协议或安排。

其次，可以寻求中间人的帮助。比如共同的朋友、亲戚或双方都信任的第三方，让其从中斡旋、调解，促进债务问题的解决。

再者，尝试收集新的证据来中断诉讼时效。例如，有新的书面承诺、还款行为、重新确认债务等证据，这样可以使诉讼时效重新计算。

另外，即使诉讼时效已过，债权人仍然可以向法院提起诉讼。虽然债务人可能会以时效抗辩，但法院也会根据具体情况进行综合判断。如果债务人在诉讼中没有明确提出时效抗辩，或者有其他特殊情况，法院也可能会支持债权人的请求。

在处理这类债务时，债权人要保持冷静和理性，不要轻易放弃。同时，要注意合法合规地采取行动，避免采取过激或不适当的方式导致矛盾激化。总之，通过多种途径和方法的尝试，有可能找到解决超过诉讼时效债务问题的较好方式。

《中华人民共和国民法典》 第一百九十二条

诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。

诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。

《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。