贷款汽车合格证在车辆上完牌后通常是会退还的。

在贷款购车的情况下，车辆合格证一般会被抵押给贷款机构，这是贷款流程中的一种常见操作。当车主完成上牌手续后，贷款机构会将合格证归还给车主。因为车辆已经完成上牌，相关部门已经对车辆的合法性和信息进行了确认和登记，此时合格证对于贷款机构来说，其主要作用已经完成。

然而，在实际操作中，可能会出现一些特殊情况导致合格证未能及时退还。比如，贷款机构的内部流程出现问题，或者在交接环节出现疏忽等。如果车主在合理时间内没有收到退还的合格证，应及时与贷款机构联系，了解具体情况，并催促其尽快退还。

车主在购车过程中，要明确了解贷款的各项条款和流程，包括合格证的抵押和退还安排。同时，要保留好相关的购车合同、贷款协议等文件，以便在出现问题时能够有据可依。如果遇到长时间未能退还合格证且与贷款机构沟通无果的情况，车主可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。

总之，一般情况下贷款汽车上完牌后合格证是会退还的，但车主需要密切关注并及时跟进，确保自身权益不受损害。

《机动车登记规定》 第十一条

机动车所有人应当到机动车安全技术检验机构对机动车进行安全技术检验，取得机动车安全技术检验合格证明后申请注册登记。但经海关进口的机动车和国务院机动车产品主管部门认定免予安全技术检验的机动车除外。

免予安全技术检验的机动车有下列情形之一的，应当进行安全技术检验：

（一）国产机动车出厂后两年内未申请注册登记的；

（二）经海关进口的机动车进口后两年内未申请注册登记的；

（三）申请注册登记前发生交通事故的。

专用校车办理注册登记前，应当按照专用校车国家安全技术标准进行安全技术检验。