在男方失踪两年的情况下，女方提出离婚，法院一般会判决准予离婚。

当男方失踪长达两年，女方提出离婚诉讼时，法院通常会采取特定的程序和考量来作出判决。首先，法院会依据相关法律规定和证据来确定男方确实处于失踪状态。这可能需要女方提供充分的证据，如报警记录、社区或相关机构的证明等，以证实男方长期下落不明。

在审理过程中，法院会考虑婚姻关系的实际情况。由于男方失踪两年，夫妻双方无法共同生活和履行婚姻义务，婚姻关系实际上已经处于一种非正常状态。法院会综合各种因素，包括双方的感情基础、婚姻存续期间的情况等，来判断是否准予离婚。

在这种情况下，法院通常会倾向于判决准予离婚，以解决女方面临的婚姻困境。同时，对于财产分割和子女抚养等问题，法院也会根据具体情况依法进行处理。如果涉及到财产分割，法院会在查清夫妻共同财产的基础上，按照公平合理的原则进行分配。对于子女抚养问题，如果有子女，法院会根据子女的最佳利益原则，考虑子女的意愿、女方的抚养能力等因素，确定子女的抚养权归属和抚养费用的承担。

总之，在男方失踪两年女方提出离婚的情况下，法院会在依法审查证据和事实的基础上，作出符合法律规定和公平正义的判决。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。