孕期协议离婚后孩子户口的办理，可根据具体情况确定，一般是跟随有抚养权的一方落户。

在孕期协议离婚的情况下，孩子户口的办理需要遵循相关规定和程序。首先，需要明确孩子的抚养权归属。通常，离婚协议中会对抚养权作出明确规定。如果女方获得抚养权，那么孩子的户口可以跟随母亲落户。母亲可以携带本人身份证、户口簿、离婚证、孩子的出生医学证明等相关材料，到其户籍所在地的派出所办理孩子的落户手续。

如果抚养权归男方，男方则可以按照相应要求准备材料办理落户。可能需要男方的身份证、户口簿、离婚证、孩子的出生医学证明等。

在办理过程中，可能会遇到一些特殊情况，比如户籍政策的差异等。这就需要当事人提前了解清楚当地的具体规定和要求，以便顺利办理。同时，要确保提供的材料真实、有效、完整。如果材料不齐全或不符合要求，可能会导致办理过程不顺利或延误。

此外，尽管夫妻双方已经离婚，但对于孩子的抚养和教育等问题，双方都有责任和义务。在办理孩子户口等相关事宜时，应尽量保持沟通和协调，以孩子的利益为重。

总之，孕期协议离婚后孩子户口的办理需要按照相关规定和程序进行，同时要考虑到各种实际情况，确保孩子的合法权益得到保障。

《中华人民共和国户口登记条例》 第七条

婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。

《中华人民共和国户口登记条例》 第四条

户口登记机关应当设立户口登记簿。

城市、水上和设有公安派出所的镇，应当每户发给一个户口簿。

农村以合作社为单位发给户口簿；合作社以外的户口不发给户口簿。

户口登记簿和户口簿登记的事项，具有证明公民身份的效力。