关于女方有负债时离婚两个孩子抚养权的判定，会综合多方面因素来考虑，并不单纯取决于负债这一情况，可能会一人抚养一个孩子，也可能两个孩子都由一方抚养等。

在判定子女抚养权归属时，法院通常会以子女的最佳利益为原则进行考量。虽然女方有负债这一情况，但这并非唯一的决定因素。

首先，会考虑孩子的年龄。年幼的孩子，尤其是哺乳期内的婴儿，一般会判给母亲抚养。如果孩子已经达到一定年龄，他们自己的意愿也会被重视。

其次，双方的抚养能力和抚养条件也是关键。比如双方的经济收入、居住环境、教育背景等。尽管女方有负债，但如果她有稳定的收入来源且能够保障孩子的基本生活和教育需求，也不一定会对抚养权的判定产生决定性影响。

再者，父母与孩子的感情以及平时对孩子的照顾程度等也会被考虑在内。如果女方平时对孩子照顾更多，与孩子感情更深厚，这也可能成为争取抚养权的优势。

此外，父母的品德、生活习惯等也可能在一定程度上影响判决。如果女方负债是由于一些特殊原因，如创业失败等，且她具备良好的品德和生活习惯，法院也会综合权衡。

总之，在这种情况下，抚养权的判定是一个复杂的过程，需要综合考虑各种因素，而不是仅仅依据负债这一点来决定。法院会努力做出最有利于孩子健康成长的判决。

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。