怀孕期间协议离婚，孩子抚养权的归属通常由双方协商确定。

在怀孕期间协议离婚，对于未出生孩子抚养权的处理，首先是尊重双方的意愿进行协商。因为孩子尚未出生，存在诸多不确定性，但双方可以就未来孩子抚养权的归属达成初步意向。

一般来说，法院在判决抚养权时会综合考虑多方面因素。比如父母双方的抚养能力和抚养条件，包括经济状况、居住环境、教育背景等。如果一方能够为孩子提供更稳定、更有利于其成长的生活环境和条件，那么在抚养权争夺中可能更具优势。

同时，也会考虑孩子的意愿，当然这主要是针对较大年龄的孩子。此外，父母与孩子的亲密程度、以往对孩子的照顾情况等也会被纳入考量。

然而，在怀孕期间协议离婚确定孩子抚养权时，需要注意的是，这种协议只是一种初步约定，在孩子出生后，实际情况可能发生变化。如果双方中的一方认为当初的协议不再符合孩子的最佳利益，或者出现了新的情况，如一方的抚养能力发生重大变化等，是可以通过法律途径重新协商或变更抚养权的。

另外，无论抚养权最终归属于哪一方，另一方都有权利和义务关心孩子的成长，并依法承担抚养费用。父母对孩子的责任和关爱不应因为离婚而减少或缺失。在处理抚养权问题时，应以孩子的利益和幸福为首要考虑因素。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十六条

夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十七条

自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。

前款规定期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证；未申请的，视为撤回离婚登记申请。