在如今竞争激烈的职场环境中，“停薪留职”这一现象引发了不少人的关注和疑问。您提出的“停薪留职后档案一直在单位存在劳动关系吗”这个问题十分关键。接下来，让我们深入探讨一下。

一、停薪留职后档案一直在单位存在劳动关系吗

一般情况下，停薪留职后档案一直在单位，并不意味着必然存在劳动关系。停薪留职是一种特殊的劳动用工形式，在这种情况下，劳动者和用人单位通常会签订相关的协议来明确双方的权利和义务。

如果协议中明确规定了停薪留职期间劳动关系的存续状态，那么应当按照协议执行。如果协议没有明确规定，那么需要综合考虑多种因素来判断劳动关系是否存在。

例如，要看劳动者是否仍接受单位的管理和安排，单位是否为劳动者缴纳社会保险等。如果劳动者在停薪留职期间完全脱离了单位的管理和约束，单位也没有为其履行任何劳动相关的义务，那么劳动关系可能就不再存在。

然而，如果单位仍保留劳动者的档案，并在某些方面继续履行与劳动关系相关的职责，那么劳动关系可能依然存在。

二、停薪留职期间的社保缴纳问题

在停薪留职期间，社保缴纳往往是一个备受关注的问题。

有些单位可能会与劳动者协商，由劳动者自行承担全部社保费用，单位负责代缴。这种情况下，劳动者需要按照约定及时将应承担的费用交给单位。

但也有一些情况，单位可能会与劳动者约定，在停薪留职期间暂停社保缴纳，待劳动者返回工作岗位后再恢复缴纳。这种约定需要符合相关法律法规的规定，否则可能会给双方带来潜在的风险。

另外，如果单位在停薪留职期间单方面停止为劳动者缴纳社保，而双方的协议中没有这样的约定，那么劳动者有权要求单位补缴社保，以保障自己的合法权益。

三、停薪留职后的复职与劳动关系解除

停薪留职期满后，劳动者的复职问题也需要明确。

如果劳动者按照约定的时间和条件申请复职，而单位无正当理由拒绝，那么单位可能构成违法解除劳动关系，劳动者有权要求赔偿。

同时，如果劳动者在停薪留职期间决定不再返回单位工作，应当提前按照约定的方式通知单位，解除劳动关系。否则，可能会给单位造成损失，从而引发纠纷。

此外，如果单位在停薪留职期间发生重大变革，如企业改制、合并、破产等，可能会对劳动者的劳动关系产生影响。劳动者需要关注单位的通知和相关政策，及时维护自己的权益。

总之，停薪留职涉及到众多复杂的法律问题和权益保障。以上内容仅供参考，法律咨询具有特殊性，如有疑问建议本站在线咨询律师，获取更专业的帮助。